Iki 1918 m. Lietuva yra jūrų šalis, turinti neužšąlantį jūrų uostą – Klaipėdą. Tačiau praeityje Lietuva turėjo tris jūrų uostus, kurie lygiareikšmiai konkuravo su tokiais Baltijos jūros regione esančiais jūrų uostais, kaip Ryga, Liepoja, Gdansku, Karaliaučiumi. Tai Klaipėdos, Šventosios ir Palangos jūrų uostai.
Klaipėdos uostas istoriniuose dokumentuose minimas nuo XIII a. antros pusės. Iki tol tai buvo baltų gyvenvietė, kurią nusiaubė Livonijos ordinas ir 1252 metais kairiajame Danės krante pastatė Memelburgo pilį. Apie pilį pradėjo kurtis ir pats miestas. XIII a. miestą dažnai puldinėdavo žemaičiai, palaikomi LDK kariuomenės. 1540 metais miestas visiškai sudegė. Tačiau miestas buvo atstatytas ir 1797 metais Klaipėda gavo laisvosios prekybos privilegijas. Su 16 a. antrąja puse yra susijusi Klaipėdos laivyno atsiradimo istorija. Apie 1580 metus Klaipėdoje pastatomi keli 140-300 t talpos jūrų laivai. 1629-1635 metais Klaipėdą buvo užėmę švedai. Po septynmečio karo Klaipėdos uostą užėmė carinės Rusijos kariuomenė, todėl nuo 1757 iki 1762 metų Klaipėda priklausė carinei Rusijai. Nemuno upe į uostą buvo atplukdoma daug medienos, todėl Klaipėdoje prasidėjo lentpjūvių statyba. Pirmoji vėjinė lentpjūvė buvo pastatyta 1759 metais. Apie 1800 metus Klaipėdoje ir jos apylinkėse veikė 18 vėjinių ir 15 garinių lentpjūvių. Valdant Rusijai, Klaipėdos uosto pagrindinė eksportinė prekė buvo mediena. Mediena buvo eksportuojama iš Rusijos į Angliją per Klaipėdos uostą. 1770 metais į Klaipėdos jūrų uostą atplaukė 500 laivų. Uostas toliau buvo plečiamas ir tobulinamas. 1863-1873 metais buvo iškastas 24 km ilgio Klaipėdos kanalas, kuris sujungė Minijos upę su Kuršių mariomis. 1875 metais buvo baigtas tiesti geležinkelis į Tilžę, 1900 metais buvo baigtas įrengti žvejybos uostas, kiek anksčiau – 1880 metais pastatytas žiemos uostas, kuris buvo sujungtas geležinkelio privažiuojamais keliais su magistraliniais keliais. Kartu su uosto plėtra plėtėsi ir laivyno bazė. 1901 metais Klaipėdos uostas turėjo net 27 jūrinius burlaivius.
Iki pirmo pasaulinio karo Klaipėdos uostą valdė kaizerinė Vokietija. Vokiečių valdomas uostas merdėjo, neturėdamas didelės reikšmės ir perspektyvos, kadangi turėjo pakelti nelygią konkurenciją su Karaliaučiaus uostu, kuris vokiečių buvo visokeriopai proteguojamas.
Šventosios ir Palangos uostai istoriniuose dokumentuose minimi nuo XVI a. 1685 metais Šventosios gyvenvietei buvo suteiktos Magdeburgo teisės, todėl per Šventosios uostą vyko aktyvi užsienio prekyba. Tačiau prasidėjus Šiaurės karui, Rygos ir Liepojos pirklių paprašyta švedų karinė vadovybė Šventosios ir Palangos uostus sugriovė ir užvertė akmenimis. Nuo to laiko Šventosios ir Palangos uostai neteko savo reikšmės. Šventosios uostas tapo žvejybiniu, nors 1921 metais Šventąją prijungus prie Lietuvos, uostas buvo pradėtas tvarkyti, kad jis tikrų jūrų prekybai.
1918-1940 m. 1918 metais po nepriklausomybės paskelbimo ir atgavus Klaipėdos karštą, Lietuva atgavo ir ribas su Baltijos jūra, kurių ilgis sudarė 94 km. Į šias ribas pateko Klaipėdos prekybos ir žvejybos uostai, Šventosios žvejų uostas ir Palangos žvejų uostelis. Vokiečių valdomas Klaipėdos jūrų uostas nebuvo vystomas – negalėjo konkuruoti su vokiečių plečiamu Karaliaučiaus uostu. 1922 metais prieš pat Klaipėdos uosto atgavimą į uostą atplaukė ir išplaukė 789 laivai, o į Karaliaučiaus uostą – 2435 laivai. Po 15 metų -1937 m. Klaipėdos uostas jau priėmė 1414 jūrinius laivus. Prekių apyvarta sudarė: atvežta – 984 t.t, išvežta – 362 t.t.
!ki 1923 metų per uostą buvo gabenami kalkakmenys, anglis, sieros žvyras, silkes. Sie kroviniai iš uosto vidaus vandenų keliais buvo paskirstomi po visą Lietuvos teritoriją. Per nepriklausomybės metus Lietuvos vyriausybė Klaipėdos uosto vystymui iki 1939 metų išskyrė 38,5 mln. litų. 1930-1932 metais buvo pastatytas naujas modernus 8 m gylio žiemos uostas. Uostas buvo sujungtas geležinkelio atšakomis su magistraliniais keliais, krantinės aprūpintos kėlimo mechanizmais, uoste pastatyti 5 nauji sandėliai. 1939 m. buvo baigta statyti nauja 540 m ilgio akmens anglių krantinė. Uosto akvatorijos gylis sudarė 8 metrus. Buvo numatyta ją išgilinti iki 9 metrų. Per uostą pradėtos gabenti įvairios prekės ir kroviniai: miškas ir miško dirbiniai, celiuliozė, sėmenys, sviestas, sūriai, bekonai, linai, kanapės, pakulos, odos, kailiai, ašutai, plunksnos, kaulamilčiai. Įvežamų prekių asortimentą sudarė akmens anglis, popiermalkės, cementas, geležis, trąšos, kalkakmenys, druska, žibalas, benzinas, nafta, koksai, skarda, mašinos, automobiliai ir jų dalys. Lietuvos vyriausybės dėka Klaipėdos uostas tapo vienas iš to meto didžiųjų Baltijos jūros regiono uostų, sėkmingai konkuravęs su Karaliaučiaus ir Rygos uostais. Lietuva jūrų keliais turėjo susisiekimą su 50-čia pasaulio šalių. Uostas turėjo nuosavą elektrinę, žemkases, ledlaužius. Uoste buvo įrengtos naujų laivų dirbtuvės, kurios pagrindinai dirbo eksportui.
Klaipėdos uostas, iki jo atgavimo neturėjęs gero susisiekimo sauskeliais, buvo sujungtas Žemaičių plentu su visais didesniais Lietuvos miestais, įskaitant Kauną ir Vilnių. Be to, geležinkelio linija Klaipėda-Telšiai-Šiauliai davė stiprų impulsą ne tik jūrų uosto, bet ir Klaipėdos miesto vystymui. 1939 metais per Klaipėdos jūrų uostą buvo eksportuojama ir importuojama 80 % visos prekių apimties.
Prieš 2-rą pasaulinį karą Klaipėdos uoste dirbo dvi jūrų laivininkystės bendrovės – Sandėlio bendrovė ir Lietuvos Lloydo bendrovė (1936). Tuo metu Lietuva turėjo 12 nuosavų jūrinių prekybos laivų, kurių bendras tonažas sudarė 12.317 BRT.
1939 metais vokiečiams užėmus Klaipėdos kraštą, pagal Lietuvos ir Vokietijos pasirašytą sutartį, Lietuva gavo didesnę Klaipėdos uosto dalį, kaip laisvą Lietuvos zoną. Laisvajai Klaipėdos uosto zonai valdyti buvo sudaryta bendra lietuvių ir vokiečių bendrovė, kurioje Lietuva turėjo 51 % pagrindinio kapitalo, o Vokietija – 49 %.
1940-1990 m. 1940 metais sovietams okupavus Lietuvą, lietuviški laivai buvo nusavinti, bendrovės suvalstybintos, tačiau lietuviškiems laivams buvo leista plaukioti tarp Klaipėdos ir kitų uostų. 1941 metais vokiečiams užėmus Lietuvą, lietuviškosios laivininkystės pareigūnai iš Klaipėdos buvo ištremti. Lietuviška laivininkystė vokiečių okupacijos metais apsiribojo tik laivyba vidaus vandenimis. Prie juros lietuviai nebuvo prileidžiami – Nemuno upė tapo pagrindine laivybos arterija, kuria pagrindinai buvo gabenama akmens anglis.
Prasidėjus antrajam pasauliniam karui, Klaipėdos uostas buvo pajungtas karo tikslams. Klaipėdoje bazavosi vokiečių povandeniniai laivai. Traukiantis vokiečių kariuomenei, rusų lėktuvai bombardavo uostą ir buvusią laivų statyklą. 1945 metais Klaipėdą užėmė rusų sovietinė kariuomenė. Tų pačių metų spalio mėnesį į Klaipėdos uostą iš Rusijos atplaukė pirmas laivas. Metų pabaigoje uostas turėjo 4 prieplaukas – 6,5-8 m gylio, 6 kranus, keletą sandėlių ir 13 km veikiančio geležinkelio. Kiek atstačius uostą, per jį į Vakarų Europą buvo gabenama akmens anglys ir mediena. 1946 metais į uostą atplaukė 202 laivai. 1950 metais krovinių apyvarta siekė 339 tūkst. t., o dar po penkerių metų – 1 mln. t. 1951 metais uostas buvo visiškai atstatytas. 1952 -1964 metais Klaipėdoje naujai pastatytas Klaipėdos žvejybos uostas, aptarnaujantis didžiuosius ir vidutiniuosius žvejybos tralerius – šaldytuvus. Uostas buvo nuolatos plečiamas – kasamas farvateris, tiesiamos geležinkelio atšakos, todėl jo statyba galutiniai baigta buvo tik 1970 m. Lietuvos žvejybos laivynas turėjo per 150 įvairių laivų.
Sovietiniu laikotarpiu uoste buvo vystomas laivų remontas ir naujų laivų statyba. Nuo 1946 metų uoste buvo organizuota laivų remonto dirbtuvė, kuri remontavo jūrų laivus. Pradedant 1952 metais uoste organizuojama „Baltijos” laivų statykla, kuri statė žvejybinius laivus ir plaukiojančius dokus. 1976 metais pradėjo savo veiklą Vakarų laivų gamybinis susivienijimas.
Tuometinė sovietų sąjungos vyriausybė, įvertinusi Klaipėdos uosto kaip Baltijos jūros regione neužšąlančio uosto privalumus, nemažai dėmesio skyrė jo vystymui. Buvo plečiama uosto infrastruktūra – statomos krantinės, tiesiamos geležinkelio atšakos, uostas aprūpinamas nauja krovos darbų technika. Klaipėdos uostas pagrindinai buvo orientuotas į žaliavų ir pusgaminių eksportą. Jūrų laivais per Klaipėdos uostą buvo gabenami grūdai, mediena, metalas, mineralinės trąšos, anglys. 1986 metais buvo pastatyta tarptautinė jūrų perkėla. Perkėlą aptarnavo keltų tipo laivai, gabenantys pakrautas kroviniais antžemines transporto priemones – geležinkelio vagonus. Per prekybos uostą buvo gabenami masiniai kroviniai. Jūrų laivininkystė tokių krovinių gabenimui turėjo 38 jūrų laivus.
Nuo 1990 m. Po nepriklausomybės atkūrimo 1991 metų birželio 3 d. Lietuvos Respublikos susisiekimo ministro įsakymu įkuriama valstybinė įmonė Klaipėdos valstybinio jūrų uosto direkcija, kuriai patikima valdyti valstybei priklausančią uosto infrastruktūrą. Šiandieninis Klaipėdos valstybinis jurų uostas yra ne tik svarbus transporto infrastruktūros objektas, bet ir pagrindinis tranzito mazgas tarptautinės reikšmės IXb transporto koridoriuje Rytai-Vakarai. Uoste dirba 19 stambių krovos, laivų remonto ir statybos kompanijų. Uostas gali priimti laivus iki 270 metrų ilgio su maksimalia 13,5 m grimzle. O Būtingės terminalas turi galimybę aptarnauti tanklaivius iki 150 tūkst. t. su grimzle iki 18 m.
Po nepriklausomybės atstatymo žymiai išsiplėtė tarptautinės jūrų perkėlos geografija. Keltų linijos jungia Klaipėdos uostą su Danijos, Švedijos, Vokietijos ir Lenkijos uostais. Atidarytos konteinerių gabenimo linijos į Lenkijos, Belgijos, Rusijos, Suomijos, Latvijos, Estijos, Didžiosios Britanijos jūrų uostus. Klaipėdos uostas tarp Baltijos šalių turi plačiausią laivybos linijų tinklą. Jų skaičius šiuo metu yra 19.
Visame pasaulyje šiuo metu dirba 196 jūrų laivai su Lietuvos vėliava. AB „Lietuvos jūrų laivininkystė” turinti 19 sausakrūvių laivų gabena birius, generalinius krovinius, miško produkciją, konteinerius ir kt. AB „Limarko laivininkystės kompanija” turinti 12 laivų – refrižiratorių ir 2 sausakrūvius laivus gabena šaldytus, atšaldytus ir gretai gendančius krovinius. AB „LISCO Baltic Service” aptarnauja keltų linijas (turi 7 keltų tipo laivus) ir perveža krovinius ir keleivius 8 trampiniais laivais į Vokietiją, Švediją, Daniją ir Lenkiją. Šiuo metu Lietuvos prekybinis laivynas turi 68 laivus. Iš jų: 29 sausakrūviai, 22 refrižiratoriai, 6 Ro-ro tipo laivai, 8 birių produktų ir 3 tanklaiviai. Bendras laivų tonažas sudaro 373.641 BRT.
Klaipėdos uoste dirba 11 universalių, 5 trąšų, 3 grūdų ir žemės ūkio produktų, 2 konteinerių, Ro-ro, naftos produktų, kruizinių laivų terminalai, 4 laivų statybos ir remonto įmonės. Paskutiniųjų metų krovinių apyvarta per uostą sudarė apie 24 mln. tonų. Klaipėdos uoste ir Būtingės terminale galima krauti apie 50 mln. tonų krovinių per metus. Klaipėdos uostas šiuo metu laikomas didžiausiu konteinerių uostu Baltijos šalyse. Paskutiniųjų metų duomenimis metinė konteinerių apyvarta uoste viršijo 180 tūkst. TEU. Uoste dirbančios septynios krovos darbų kompanijos specializuojasi pagal atskiras krovinių rūšis, turi reikiamą krovos darbų techniką, įvairių tipų sandėlius ir talpyklas skystų produktų sandėliavimui. Kasmet Klaipėdos valstybinis jūrų uostas priima apie 8000 įvairių laivų.
Klaipėdos valstybinio jūrų uosto direkcija kasmet uosto infrastruktūros plėtrai ir tobulinimui skiria apie 30 mln. eurų. Remiantis Tarptautinės Japonijos bendradarbiavimo agentūros (JICA) atlikta studija, Klaipėdoje, Melnragėje, numatoma pastatyti naują giliavandenį uostą iki 17,5 metro gylio. Be to, Lietuvos Vyriausybė pritarė Šventosios uosto išvystymui. Atstatytas Šventosios uostas bus skirtas valstybės sienos apsaugos, gelbėjimo darbų, išsiliejusios naftos surinkimo, priešgaisrinės apsaugos tarnybų institucijų laivų aptaranavi-mui. Pastaraisiais metais padažnėjus kruizinių laivų vizitams į Klaipėdos uostą, artimiausiu metu numatoma uoste pastatyti modernų keleivių terminalą.
Šiuo metu Lietuvos Respublikai priklauso 94 kilometrai kranto su Baltijos jūra, teritoriniai vandenys – 7000 km2 arba 1,5 % Baltijos jūros ploto.